Unter einem Stereomikroskop versteht man ein spezielles Lichtmikroskop, wo für beide Augen ein getrennter Strahlengang bereitsteht. Da beide Augen das Objekt von einem unterschiedlichen Winkel aus betrachten, entsteht der "Stereo Effekt" (ein räumlicher Eindruck).
Kann ein Präparat nur von oben beleuchtet werden, dann ist der Einsatz eines Stereomikroskops unverzichtbar. Meist werden Sie dort eingesetzt, wo feine Oberflächenstrukturen in Echtfarben und mit räumlichem Eindruck untersucht werden müssen. Die Beleuchtung wird meist nahe am Objektiv befestigt (es existieren allerdings auch andere Beleuchtungsvarianten). Durch die Technik im Stereomikroskop entsteht ein räumlicher Eindruck mit großer Tiefenschärfe und einem komfortablem Arbeitsabstand. Dabei ist das Bild gleichzeitig höhen- und seitenrichtig.
Stereomikroskope sind mit Vergrößerungen unterhalb 100:1 ausgestattet, da räumliche Bilder nur bei sehr kleinen Vergrößerungen entstehen. In Laborkreisen bezeichnet man ein Stereomikroskop auch als Binokular oder als Stereolupe.
Beim Stereomikroskop gibt es zwei getrennte Strahlengänge, welche bei 11 Grad und 16 Grad betrachtet werden. Diese beiden Winkel entsprechen dem Konvergenzwinkel der beiden Augen.
Bei einem Stereomikroskop wird das jeweilige Objekt von oben aus beleuchtet, bei einigen Modellen gibt es im Stativfuß auch eine Durchlichtbeleuchtung, z.B. bei der Untersuchung von biologischen Objekten. Um eine schattenfreie Beleuchtung zu realisieren, stehen Ringleuchten zur Verfügung. Bei physiologischen Untersuchungen wird in vielen Fällen auch eine UV Lampe benutzt. Da Stereomikroskope ein großes Objektfeld bieten, werden sie häufig auch für die Untersuchung von Gesteinsschliffen der Geologie eingesetzt.
Bei präparativen Arbeiten stehen austauschbare Stative zur Verfügung. Auch ist es möglich das Mikroskop an Maschinen anzuschließen, um entsprechende Fertigungsprozesse zu überwachen. Stereomikroskope werden in Bereichen der Forschung und Technik wie z.B. in der Geologie, Biologie, Zahntechnik und Mineralogie eingesetzt. Aber auch in der Qualitätskontrolle der elektronischen und feinmechanischen Industrie, sowie bei Restaurationsarbeiten sind sie häufig anzutreffen. Auch in der Kriminalistik werden sie im Bereich der Spurensuche sehr häufig mit Erfolg eingesetzt.
Auch im Privatgebrauch findet das Stereomikroskop hin und wieder Einsatz. Hobby-Wissenschaftler können damit feststellen welche Bakterien am Kettcar Lenkrad haften oder welche Mikrobewohner im heimischen Bächlein hausen. Auf die Frage "Bin ich schwanger?", sollte man sich aber doch besser einen Schwangerschaftstest zulegen und nicht versuchen mittels Mikroskop Spekulationen anzustellen.
Die meisten Mikroskope arbeiten ohne viel komplexer Elektronik. Daher brauch man sich auch keine Sorgen machen wenn mal Rundmagnete in der Nähe liegen. Bei digitalen Mikroskopen sollte man es jedoch besser nicht drauf ankommen lassen, da man hier im schlechtesten Fall verfälschte Ergebnisse erzielen kann.